唐贞观年间，长孙皇后怀孕十月无法分娩，太医们束手无策。孙思邈被召入宫，因“男女授受不亲”的礼教，他无法直接诊脉，便让采女将红线系在皇后右手腕上，自己捏着线头在房外“引线诊脉”。片刻后，他诊断出皇后是气血淤滞所致，便让采女将皇后左手扶近竹帘，找准穴位扎了一针。不久，皇后腹痛加剧，顺利产下皇子。唐太宗大喜，欲留他在朝执掌太医院，但孙思邈不愿为官，婉拒后继续云游四方，为百姓治病。
药王医龙的传说
一日，孙思邈出门时遇见一位穿白衣的少年，带着众多随从和马匹前来拜谢。少年称自己曾被孙思邈救过性命，邀请他前往府邸。孙思邈随少年来到一处气派的庄园，见主人以“君王”“妃子”相称，才知此处是泾阳水府，少年是泾阳龙王。龙王为报救命之恩，准备了轻绡、珍珠、黄金等厚礼，但孙思邈坚辞不受。龙王无奈，命儿子取来龙宫秘藏的30篇医方相赠，说：“这些医方可济世救人，正合先生心愿。”孙思邈收下医方，后来将其编入《千金方》，成为书中重要的治病良方。
虎守杏林的故事
孙思邈晚年云游至邱县，见此处景美民淳，便在郊寺悬壶行医。他治病不收钱、不受谢，只希望患者病愈后在寺旁植杏树三株。多年后，杏树成林，郁郁葱葱。每到杏熟季节，孙思邈便以杏易谷，赈济贫困百姓。一次，一只老虎伏跪在寺前，喉咙被金簪卡住，痛苦哀鸣。孙思邈用自制的“虎撑”（一种金属器具）探入虎喉，取出金簪，治愈了老虎的伤病。此后，老虎不再伤人，反而守护在杏林旁，成为孙思邈的“坐骑”。孙思邈去世后，老虎绕寺哀啸三日，才不知去向。
长沙洗药的胜迹
相传孙思邈晚年曾隐居长沙地区的浏阳孙隐山，潜心撰写《千金翼方》，并为百姓治病。他常到山麓的溪流边洗药，溪水因此被称为“洗药泉”，旁边的石头被称为“洗药石”。山间还有炼丹台、升冲观等遗迹，据说是他炼丹和修道的地方。当地百姓为纪念他，修建了孙公殿，将山命名为“孙公殿”，还将附近的村庄称为“孙隐村”。明代诗人郑序曾写诗赞道：“孙隐兹山若许年，至今台观尚依然。云间不见烧丹灶，桥下犹流洗药泉”，记录了这些胜迹。
巧治难产生命垂危
一次，孙思邈路过一个村庄，见一群人抬着一位昏死的妇人向野地走去，后面跟着戴孝的孩童，哭声一片。他上前询问，得知妇人是难产昏死，并未真死。但村民们不信，认为他是“捣乱”，要将他赶走。孙思邈亮出唐王钦赐的令牌，众人才相信他是“药王”。他从药箱中取出银针，在妇人头部、腹部扎了几针，轻轻捻动。不久，妇人脸庞渐渐有了血色，微微睁开眼睛。孙思邈又开了药方，让主人家赶快抓药熬药。按照他的吩咐，妇人顺利产下一个男孩，村民们惊叹不已，称他为“真神医”。