百字明咒是金刚乘修持中极为重要的“一切忏悔之王”，源于金刚萨埵（一切众生菩提心本体）的加持，其功德围绕“净化业障、修复善根、增长功德”展开，具体可分为以下核心作用：
1. 彻底净化累世业障，消弭因果痛苦
百字明咒是消除无始以来身口意罪障的关键法门。经文中明确提到，一次性念诵一百零八遍可酬补一切所失之戒（如别解脱戒、菩萨戒、密乘戒的违犯），从业障的“增长链条”中切断，使行者从三恶趣（地狱、饿鬼、旁生）中获得解脱。《无垢忏悔续》进一步强调，它能净除“所有失戒与分别念的罪障”，即使是深重的五无间罪（如杀父、杀母、杀阿罗汉等），若以四力（认识过错、对治恶行、断恶决心、皈依上师三宝）配合念诵，也能逐步清净。这种净化并非“掩盖”，而是从阿赖耶识（轮回的种子库）中彻底抹去恶业的“种子”，让行者不再受过往恶行的果报折磨。
2. 制止恶念蔓延，修复善根漏洞
恶念是轮回的根源，百字明咒能像“防护墙”一样，止息贪嗔痴等烦恼恶念的生长。它通过空性与慈悲的双重力量，让行者“保持纯真自性”——不被过去的错误束缚，也不被当下的情绪左右。即使偶有恶念生起，咒语的加持能迅速将其“扼杀”在萌芽状态，防止其扩大成严重的恶业。对于修法中因疏忽导致的“善根漏洞”（如忘记回向、仪轨中断），百字明咒能像“补丁”一样修复，让善根得以圆满。
3. 增长无量福智，奠定解脱基础
百字明咒不仅是“忏悔工具”，更是“功德增长器”。念诵它能快速积累“福德资粮”（如布施、持戒的功德）与“智慧资粮”（如空性见解的增长），让行者的相续（心识状态）逐渐远离“无明”与“执着”。《庄严藏续》提到，若能念诵十万遍百字明，不仅一切堕罪彻底清净，还能“成就金刚萨埵位”（即与金刚萨埵无二无别的境界），为后续的大圆满、大手印等高级修法奠定坚实基础。
4. 补阙圆满修法，获得护法加持
在密乘修法中，“补阙”是关键环节。百字明咒被称为“补咒”，能弥补修法中的“不圆满”——如念诵时的杂念、仪轨的遗漏、对境的不恭敬等。它相当于“重新校准”修法的状态，让每一次修持都回归“清净圆满”。念诵百字明咒能获得金刚护法的“默认加持”，即使修法中有小的过失，护法也不会责怪，反而会协助行者消除障碍，让修法更加顺利。
5. 与金刚萨埵相应，获得究竟加持
百字明咒是金刚萨埵的“心咒”，念诵它等同于与金刚萨埵“直接对话”。金刚萨埵作为“如海诸部坛城主”（一切坛城的核心），其加持能穿透行者的业障，让行者感受到“与圣尊同在”的力量。这种相应不仅能快速净化业障，还能让行者“模仿”金刚萨埵的品质（如慈悲、智慧、勇敢），逐渐成长为“像金刚萨埵一样的勇父/勇母”（即能利益众生的修行者）。
百字明咒的功德并非“立竿见影”，而是需要行者以“心”“出离心”“菩提心”为基础，如法念诵（如配合四力、观想金刚萨埵）。只有这样，才能真正发挥其“忏悔之王”的威力，让行者从轮回的苦海中逐步解脱。