海鲜类（如虾、蟹等）：民间常说同食会因维生素C与砷反应“中毒”，缺乏可靠证据。但海鲜高蛋白，木瓜含木瓜蛋白酶，部分人同食可能出现消化不良或腹泻，敏感人群建议分开食用。
富含维生素C分解酶的食物（如南瓜、胡萝卜）：这类食物所含酶会分解维生素C。木瓜本身维C含量高，若与南瓜或胡萝卜同食，可能降低维C的吸收与利用；但这类影响主要体现在营养层面，通常不会引发其他不良反应。
油炸食物：高脂与木瓜同食，较易引起胃肠不适或腹泻，尤其消化功能较弱者更应注意。
乳制品（牛奶、酸奶）与咖啡/茶：有观点认为会影响营养吸收，但目前缺乏一致、确凿的人体研究，日常少量同食一般问题不大，若有不适可分开食用。
二、不宜或慎食的人群与情况
孕妇：未成熟（青木瓜）含乳胶样物质，可能刺激子宫收缩，孕期应避免；成熟木瓜可少量食用，但为稳妥起见，很多医生仍建议孕期不吃或仅少量。
消化系统疾病或腹泻人群：木瓜富含膳食纤维且含木瓜蛋白酶，可能加重腹泻或胃肠刺激，症状发作期不建议食用。
体虚或胃寒者：中医认为木瓜偏寒，此类人群不宜多吃，尤其避免冰镇。
过敏体质：对番木瓜/木瓜成分过敏者应禁食。
番木瓜碱风险：木瓜含少量番木瓜碱，长期大量食用可能带来不适，建议适量。
三、实用食用建议
与海鲜同桌时，建议先吃海鲜、间隔一段时间再吃木瓜，肠胃敏感者更应如此。
需要补充维C时，尽量避免与南瓜、胡萝卜同餐大量同食；若要搭配，可错开时间。
日常以成熟木瓜、适量为原则；首次尝试或久未食用者，先从少量开始，观察个体反应。