故事发生在古时候的浙江诸暨，主角是石娃与花妹。石娃是个聪明健壮的石匠，每日带着榔头、凿子上山打凿岩石，将村边山头琢得玲珑俊秀；花妹则是村里的绣花能手，心灵手巧，绣的花儿栩栩如生，连蜜蜂都会上当采蜜，她的歌声更是清脆动人，能让花儿绽放、鸟儿飞舞。两人青梅竹马，互生爱慕，约定待石娃凿完山上所有石头、花妹绣遍四季所有花朵后，便成亲。
二、爱情受阻：雷神的嫉妒
好日子终于盼到——八月十五中秋节，石娃凿完最后一块石头，花妹绣完最后一朵花儿。两人跑到村外小溪边，花妹散开辫子让溪水冲洗，溪边桃树特意开出最美的桃花，石娃摘下桃花插在花妹发髻上，明月繁星下，两人的甜蜜连天上的仙女都探头羡慕。这幸福被雷神看在眼里，他嫉妒人间竟有比天上更快乐的情侣，便化作粗壮黑脸汉，强行要将花妹掳上天宫。
三、被迫分离：山头飞走
石娃与花妹紧紧依偎，誓死不从。雷神恼羞成怒，先劈出两道闪电、一声响雷，又吹起狂风暴雨，逼得两人无法靠近。雷神用手在两人中间一劈，山头瞬间裂成两半，他吹了口气，载着花妹的半边山头立刻飞向空中。石娃机灵地纵身一跃，攀住山头上的野藤，随着山头一起飞向远方。
四、千里寻妻：啄岩救爱
山头越飞越高，石娃渐渐体力不支，头晕眼花，双手不知不觉变成了翅膀，再也无法抓住藤蔓。他用牙紧紧咬住藤蔓，嘴巴越咬越长、越尖、越硬，最终山头像流星般坠落在杭州灵隐寺前的地上，石娃也被震昏过去。醒来后，他发现自己竟变成了一只长嘴巴的鸟儿。
石娃并未放弃，他循着熟悉的歌声，飞到灵隐寺后的山头上——这是他从家乡飞来的半边山。他用尖喙拼命啄岩石，想找到被困的花妹。花妹在山洞里听到“笃笃”的啄岩声，立刻拔下银钗，对着洞顶挖起来。石娃在外啄，花妹在内挖，石娃的尖喙啄破了，花妹的银钗磨得只剩短短一截，但他们从未停歇。
五、团聚复仇：化作永恒
终于，石娃的尖喙啄到了花妹的银钗，岩石被凿穿！一线阳光射进洞里，石娃从缝隙中飞进去，与花妹紧紧相拥。他们在山洞里飞了三圈，花妹也化作一只美丽的鸟儿，两人一起冲破蓝天，朝着雷神所在的天空飞去。他们找到雷神，一起扑上去，用尖喙啄瞎了雷神的双眼——从此，雷神再也不敢到人间作恶，只能在天空中吼叫。
六、遗迹留存：爱情的见证
至今，诸暨城外仍保留着半边山，那是当年被雷神劈开的、载着花妹的山头；而杭州灵隐寺前的飞来峰，则是另一块飞来的山头。飞来峰上的一线天，正是当年石娃啄岩、花妹挖洞的地方，那道狭窄的缝隙里，仿佛还能听到他们当年的歌声。如今，恋人们常来这里许愿，希望像石娃和花妹一样，历经磨难也能终成眷属。