海蓝宝石属于绿柱石家族（Beryl），与祖母绿、摩根石为“同门亲戚”；蓝宝石属于刚玉家族（Corundum），与红宝石是“姐妹宝石”，二者同为世界五大珍贵宝石（钻石、红宝石、蓝宝石、祖母绿、金绿猫眼）。
2. 化学成分差异
海蓝宝石的主要成分为铍铝硅酸盐（化学式：Be₃Al₂Si₆O₁₈），颜色由微量二价铁离子（Fe²⁺）致色；蓝宝石的主要成分为氧化铝（化学式：Al₂O₃），颜色由钛（Ti⁴⁺）和铁（Fe²⁺）等微量元素共同作用形成。
3. 颜色特征差异
海蓝宝石的颜色以天蓝色、海蓝色或带绿的蓝色为主，色调清新柔和，高品质者要求颜色浓郁均匀、无灰调或杂色（如“圣玛利亚色”——明洁无瑕的艳蓝至淡蓝色，产自巴西Santa Maria矿）；蓝宝石的颜色更为丰富，除经典的蓝色外，还有粉色、黄色、绿色、紫色等，其中以克什米尔“矢车菊蓝”（微带紫的靛蓝色，明度大、色鲜艳）和缅甸“皇家蓝”（深邃的靛蓝色）最为珍贵。
4. 物理性质差异
硬度：蓝宝石的莫氏硬度为9（仅次于钻石），是自然界最硬的天然矿物之一；海蓝宝石的莫氏硬度为7.5，硬度明显更低，易被蓝宝石划伤。
密度：蓝宝石的密度为3.954.1 g/cm³，手感更重；海蓝宝石的密度为2.682.80 g/cm³，相同体积下更轻。
折射率与双折射率：蓝宝石的折射率为1.761.77，双折射率为0.008，光泽更亮（亮玻璃光泽至亚金刚光泽）；海蓝宝石的折射率为1.5671.590，双折射率为0.0050.007，光泽相对柔和（玻璃光泽）。
5. 光学效应差异
蓝宝石常见星光效应（因内部含有定向排列的三组金红石包裹体，打磨成弧面形后可呈现六道星芒，如“印度之星”星光蓝宝石）；海蓝宝石较少出现星光效应，偶尔会有猫眼效应（因含平行排列的气液包裹体，切割成弧面形后呈现一条明亮光带）。
6. 产地分布差异
海蓝宝石的主要产地为巴西米纳斯吉拉斯州（占全球产量的70%，以大颗粒、高净度晶体著称），其他产地包括俄罗斯、中国新疆、马达加斯加等；蓝宝石的顶级产地为克什米尔（矢车菊蓝，产量稀少）、缅甸（皇家蓝，包体丰富）、斯里兰卡（颜色多样，产量较大），中国山东昌乐、海南等地亦有产出，但品质以中等为主。
7. 市场价值差异
海蓝宝石的价格相对亲民，普通品质（5克拉以下）约为200500元/克拉，大颗粒、高净度且颜色浓郁者（如圣玛利亚色）价格可达4002000元/克拉；蓝宝石的价格较高，优质蓝色蓝宝石（如克什米尔矢车菊蓝、缅甸皇家蓝）可达数万元至数十万元/克拉，彩色蓝宝石（如Padparadscha粉橙色）价格亦不菲。
8. 文化象征差异
海蓝宝石象征“海水之灵”，被赋予护佑航海安全、促进情感和谐的寓意，是3月的诞生石，古希腊传说中其灵魂被封存于宝石中，成为“爱情之石”；蓝宝石象征忠诚、坚贞、慈爱和诚实，是9月的诞生石，历史上常被用于皇室珠宝（如英国王室冠冕），代表高贵与永恒。