妈祖的神话故事主要分为生前灵异事迹与羽化后显圣传说两类，以下是更具代表性的故事：
一、生前灵异事迹
1. 窥井得符：妈祖13岁时，拜道士玄通为师，研习“玄徵秘法”，通悟秘法后可预知吉凶。一次，她从井中窥得一枚神符，此后便能用符水为人治病，乡民称其为“通贤灵女”。
2. 化草救商：湄洲屿西边门夹（今文甲）海域，一艘商船遭巨风触礁，海水涌入即将沉没。妈祖见状，随手抓起脚下几根小草，抛入大海，小草瞬间变成一排大杉木，划到商船旁将其固定，避免沉没。
3. 挂席泛槎：一次出海时，妈祖乘坐的船没有船桨和船篷，风急浪大，船手不敢前行。妈祖让人将草席挂在桅杆上当作船帆，船竟乘风破浪，顺利前行。
4. 祷雨济民：21岁时，莆田遭遇大旱，百姓颗粒无收。县尹求助于妈祖，妈祖预言壬子日申刻下雨。届时上午晴空万里，申刻一到，乌云密布，大雨滂沱，旱情解除。
5. 降伏二神：23岁时，湄洲西北有“顺风耳”“千里眼”二神作祟，祸害百姓。妈祖与村女们上山劳动10多天，待二神出现时，她大声呵斥，二神化作火光逃窜。后妈祖用激将法让二神丢下铁斧，再以神咒呼风飞石，二神认输归顺，成为妈祖的得力助手。
二、羽化后显圣传说
1. 湄屿飞升：28岁那年，妈祖在重阳节前一天，于湄峰更高处乘风升天，羽化成仙。此后，乡民常看到她在海上显灵，救助遇险的渔民和商船。
2. 铁马渡江：传说妈祖能骑着铁马渡过江河湖海，有一次，她骑铁马从湄洲到泉州，途中遇到狂风巨浪，铁马却稳如泰山，顺利抵达。
3. 圣泉救疫：宋代，兴化一带爆发瘟疫，无药可治。妈祖托梦给白湖村一村民，告知海边地下有甘泉，可治愈疫病。村民挖掘后果然得到清泉，饮之病愈，这口井被称为“圣泉”。
4. 甘泉济师：康熙二十一年（1682年），清军水师提督施琅率军驻扎平海，遇严重干旱，军士缺水。施琅向妈祖祈祷，士兵挖掘妈祖庙旁的废井，得甘泉，解决了饮水问题，施琅亲书“师泉”二字纪念。
5. 澎湖助战：康熙二十二年（1683年），施琅攻打澎湖，士兵因长途跋涉疲惫不堪。妈祖显灵，派千里眼、顺风耳二神助战，士兵士气大振，最终攻克澎湖，。
6. 托梦建庙：宋代，莆田城东白湖村的章氏、邵氏二族人同梦神女指地立庙，验地后果然是吉地，遂建庙祭祀。此后，白湖妈祖庙成为重要信仰中心，香火旺盛。
这些故事不仅体现了妈祖“立德、行善、大爱”的精神，也反映了沿海民众对平安、丰收的祈愿，成为妈祖文化的核心内容。