菩提子的颜色由其天然材质或后期加工（如染色）决定，天然菩提子的核心颜色可分为7大类，每类对应不同的品种及特征：
1. 白色系菩提子
白色是菩提子中最常见的基础色系，给人纯净、高雅的感觉。常见品种包括星月菩提（表面布满黑色小点，如繁星伴月）、白玉菩提（质地温润如白玉，色泽洁白）、菩提根（切开后内心呈白色，是白色菩提的代表）等。这类菩提子质地细腻，容易上色，市场上多数染色菩提均以天然白色菩提为原料。
2. 黄色系菩提子
黄色象征尊贵与财富，色调从浅黄到金黄不等，质地坚硬有光泽。常见品种有金刚菩提（表面有凸起的纹路，形似金刚，颜色多为黄色或棕色）、凤眼菩提（表面有类似“凤眼”的斑点，颜色涵盖浅黄、金黄、姜黄等，是玩家热门选择）、风化菩提根（经自然风化后呈浅黄色，纹理独特）等。
3. 红色系菩提子
红色鲜艳夺目，象征热情与活力，天然红色菩提较为稀有。常见品种包括海红豆（又称“红心菩提子”，颜色鲜红如血，内部有心型曲线，造型独特）、滴血莲花菩提（形状似莲花，颜色为红色或橙红色，因“滴血”般的色泽得名）、朱砂供菩提（经朱砂等材料特殊处理，呈紫红色或深红色，具有宗教寓意）等。
4. 绿色系菩提子
绿色清新自然，象征生机与希望，天然绿色菩提非常稀少。常见品种有阴皮星月菩提（颜色绿中带白，全绿色品质更佳，油性足，上色包浆快，是盘玩的热门选择）、绿豆菩提（形状类似绿豆，颜色呈淡绿色，质地细腻）等。
5. 紫色系菩提子
紫色神秘优雅，象征智慧与沉稳。常见品种为紫金鼠菩提（一端有三个小洞，形似老鼠尾巴，颜色呈紫色，盘玩后变为紫中偏红或紫中泛金，极具观赏性）、紫金猪椰（较少见，颜色为淡紫色，质地坚硬）等。
6. 黑色系菩提子
黑色深沉神秘，象征内敛与沉稳。常见品种有无患子（又称“菩提子”，颜色为黑色或深棕色，表面光滑，质地坚硬）、椰壳菩提（由椰子壳制成，颜色为黑色或深棕色，纹理清晰，具有独特的质感）等。
7. 蓝色系菩提子（稀有色系）
蓝色宁静深邃，象征冷静与理智，是菩提子中较为稀有的颜色。常见品种有蓝宝石菩提（颜色为蓝色或深蓝色，表面有闪烁的亮点，类似蓝宝石）、蓝玉髓菩提（由蓝玉髓制成，颜色为淡蓝色，质地温润，色泽柔和）等。
注：部分菩提子（如星月菩提、金刚菩提）的颜色会因盘玩时间、保养方式（如刷油、擦拭）发生变化（如白色菩提盘玩后变为浅黄或棕色，黄色菩提盘玩后变为橘黄）。市场上存在大量染色菩提，需通过触感（天然菩提表面粗糙）、纹理（天然菩提纹路不均匀）、火烧（天然菩提有煳味，假菩提有刺鼻气味）等 *** 鉴别真假。