柯尔克孜族的宗教信仰经历了从原始自然崇拜到外来宗教的演变过程，形成了以教为核心、多元信仰并存的格局，不同地域的群体因历史与环境差异，仍保留着各自的信仰特色。
一、原始宗教信仰：图腾与自然崇拜
柯尔克孜族的原始信仰扎根于游牧与生产方式，核心是对“万物有灵”的敬畏。图腾崇拜是其重要内容，著名的图腾包括雪豹（象征勇猛）、鹿（关联艾特玛托夫小说《白轮船》中的母鹿传说），体现了对动物力量与生存智慧的崇拜。他们信奉“乌买”女神（umai ene），认为其为创世主或保护神，掌管生育与家庭平安。
自然崇拜与生产生活密切相关。古代柯尔克孜人依赖水与草维持游牧，因此将水神、草神视为最重要的自然神灵，祈祷其保佑牧草丰茂、水源充足。10世纪阿拉伯旅行家米撒尔的游记提到，柯尔克孜人“信奉苍天，朝南方祷告”，尊敬天山的“祖哈勒”（山神）、金星（视为吉祥）与土星（视为守护），认为火星（视为灾祸）不吉利。这种崇拜还衍生出巫师（称为“甘”）角色，负责主持祭祀仪式，但未形成系统的宗教教义。
二、主要宗教：教（逊尼派）
教是柯尔克孜族当前最主要的宗教信仰，绝大部分人口属于逊尼派的哈乃菲教派。其传入可追溯至中古时代，1017世纪初，柯尔克孜人从叶尼塞河上游向天山地区迁徙，与邻近民族（如维吾尔、哈萨克）接触，逐渐接受教。16世纪下半期，“沙亦黑”（宗教学者）开始在柯尔克孜地区系统传播，至18世纪前半期基本普及。
信仰教后，柯尔克孜人的宗教生活遵循逊尼派传统：承担“吾受儿”（粮食税）、“扎卡提”（牲畜税）等宗教义务；在“主麻日”（每周五）到寺集体做礼拜；生养、婚丧、吉庆等人生礼仪均由宗教职业者（阿訇）主持，如割礼、婚礼的宗教祝福、葬礼的殡礼仪式。教已成为柯尔克孜族文化的重要组成部分，影响了其价值观、习俗与社会结构。
三、其他信仰：地域与历史形成的多元格局
1. 藏传佛教：新疆塔城、额敏县的柯尔克孜人主要信仰藏传佛教（喇嘛教），教规、仪式与其他藏传佛教群体一致，如供奉佛像、参与法会、祭祀敖包等。这种信仰的形成与历史上蒙古、藏族的文化交流有关。
2. 萨满教：居住在黑龙江富裕县的柯尔克孜人，因远离传统聚居区，仍保留着原始萨满教信仰。他们认为萨满蛇神是固有保护神，家家户户在墙壁神龛中供奉布剪的蛇形；祭祀仪式中请萨满跳神，以治疗疾病、祈求平安。还信奉天马神、树神、金星神、北斗星神等自然神灵，每年4月18日祭树神（赛马射箭）、10月25日祭北斗七星（用荞麦面做佛灯）、春节时拜年并点燃牛粪灯（延续游牧时期的狼烟传统）。