柯尔克孜族的宗教信仰经历了从原始信仰到外来宗教的演变过程，形成了以教为核心、保留原始信仰残余的格局，不同地区因历史和环境差异存在一定信仰差异。
1. 原始宗教信仰：图腾与自然崇拜
柯尔克孜族的原始宗教信仰源于游牧与生活，核心是对自然力量和动物神灵的崇拜。其中，图腾崇拜是最具代表性的原始信仰之一，著名的图腾包括雪豹（象征勇猛）和鹿（如艾特玛托夫小说《白轮船》中与母鹿相关的情节），这些图腾被视为氏族的保护神，承载着对祖先和自然的敬畏。他们还信仰“乌买”女神（umai ene），认为其为创世主或保护神，掌管生育与平安；传统上朝南方祷告，崇拜太阳，视火星为不吉利的象征，认为其会带来灾祸。
2. 主流宗教：教（逊尼派）
教是柯尔克孜族当前最主要的宗教信仰，绝大多数柯尔克孜人属于逊尼派哈纳菲派。其信仰历史可追溯至16世纪中叶，随着与周边民族的交流（如维吾尔、哈萨克族），教逐渐传入柯尔克孜族地区，并在清代成为主流。教对柯尔克孜族的社会生活影响深远：礼拜寺是教徒进行宗教活动的主要场所（多建于城市），教规“五功”（念功、礼功、斋功、课功、朝功）是信徒的日常修行内容；宗教节日如肉孜节（开斋节）、古尔邦节（宰牲节）是族群最重要的传统节日，过节时男女着新衣、宰牲设宴、互致祝福，体现了宗教与生活的深度融合。
3. 少数群体的传统信仰：萨满教与藏传佛教
尽管教占主导，但部分地区的柯尔克孜人仍保留着原始宗教残余或其他外来宗教信仰：
萨满教：主要存在于黑龙江富裕县的柯尔克孜族群体中，因长期与内地隔绝，传统萨满教信仰得以保留，涉及“万物有灵”的观念，通过萨满（巫师）进行占卜、治病等活动；
藏传佛教：新疆塔城、额敏县的柯尔克孜人中有少数人信仰藏传佛教（喇嘛教），这一信仰主要源于历史上与蒙古族、藏族的接触，部分地区的寺庙仍保留着藏传佛教的仪式与传统。