日本国土面积仅37.8万平方公里，其中71%为山地丘陵，可利用的耕地面积极少（约占国土30%以下），难以大规模种植水果。日本气候虽湿润，但河流短小、蓄水能力弱，且多台风、暴雨等极端天气，容易引发洪水、病虫害等问题，进一步限制了水果的种植规模和产量。这些自然条件导致日本水果的“先天供给不足”，是价格高的基础因素。
农协垄断：从生产到销售的全链条控制
日本全国共济农业协同组合联合会（农协）是连接农户与市场的核心中介，几乎所有农户都是农协会员。农协对农户生产的农产品实行“强制收购”（通过农协集中贩卖），并对农业生产资料（如肥料、农药、农机具）实行“强制采购”（农户需通过农协购买）。这种垄断模式让农协掌握了水果的定价权——农协通过“调整供需”“加工包装”（如将水果装入精美礼盒）等方式提高附加值，将水果打造成“贵族产品”。农协还抵制农产品进口（以“保护农民收入”为名），限制了国外便宜水果进入日本市场，进一步巩固了本土水果的高价地位。
精细化种植与品质控制：高成本的“完美主义”
日本水果种植采用“职人精神”的精细化模式，注重每一个环节的品质把控。例如，葡萄种植需严格控制株距（避免争抢养分）、进行疏穗（剪掉多余果穗）、套袋（防止虫害和阳光直射）、设施栽培（调节温度湿度）；采收前需抽样检查糖度（需达到18%以上）和着色（均匀一致），未达标的水果会被淘汰或作为次品低价销售。这些严格的种植标准虽然提高了水果的品质（如“浪漫红宝石”葡萄糖度可达18度以上），但也大幅增加了种植成本（如人工筛选、设施投入），最终转嫁到消费者身上。
品牌化与文化符号：水果的“身份溢价”
日本水果注重“品牌化”建设，每个地区都有其标志性水果品种（如青森苹果、山形樱桃、北海道夕张蜜瓜），这些品牌经过长期宣传（如通过拍卖会、媒体报道），形成了“高品质”“高端”的形象。例如，“夕张蜜瓜”被称为“瓜中爱马仕”，2023年一对夕张蜜瓜拍出320万日元（约19万元人民币）的天价；“美人姬草莓”论颗售卖，一颗80克的草莓售价约5万日元（约3000元人民币）。日本传统文化中将水果视为“高级料理的餐后甜点”（自江户时代起），送礼时选择高级水果被视为“诚意”和“身份”的象征，这种文化属性进一步推高了水果的“情感价值”和价格。
进口政策保护：减少外部竞争
日本对农产品进口采取严格的限制措施（如高关税、复杂的检疫程序），以保护本土农民的收入。例如，中国产的“阳光玫瑰”葡萄品质可与日本本土高端葡萄媲美，但价格仅为日本的三分之一，但由于进口限制，难以大规模进入日本市场。这种政策保护让本土水果免受国际竞争压力，得以维持高价。