1. 大汶口遗址（核心命名地）
位于山东省泰安市岱岳区大汶口镇与宁阳县磁窑镇交界的大汶河两岸，是大汶口文化的发现地与命名地。遗址总面积约82万平方米，文化堆积层厚2—3米，涵盖大汶口文化早、中、晚三期（距今约6200—4600年）。1959年首次发掘出土133座墓葬、1000余件文物（陶器、石器、玉器、骨器等），包括红陶兽形壶（造型生动的酒器）、八角星纹彩陶豆（彩陶艺术巅峰之作）、白陶鬶（薄胎磨光白陶的代表）等标志性器物。遗址中墓葬随葬品的悬殊差异（如最多一座墓出土14个猪头），反映了当时社会的贫富分化与私有制萌芽，为研究父系氏族社会的形成提供了关键证据。1982年被国务院公布为全国重点文物保护单位。
2. 堡头遗址（早期典型遗址）
位于泰安市宁阳县磁窑镇堡头村，是大汶口文化早期阶段的典型遗址（距今约6000—5500年）。1959年发掘133座墓葬，墓葬形制以东西向长方形竖穴土坑墓为主，葬式多为单人仰身直肢葬，部分为同性合葬或多人二次合葬。随葬品中獐牙、獐牙勾形器（用于宗教仪式）、龟甲（象征神秘力量）及猪头、猪下颌骨（财富标志）极具特色，其中猪头随葬比例达1/3以上，反映了当时家畜饲养业的发展与社会分层的开始。遗址中还发现马蹄形陶窑（早期制陶工艺的实证），为研究大汶口文化早期制陶技术提供了重要资料。
3. 章丘焦家遗址（中期城址与贵族墓地）
位于济南市章丘区焦家村，是大汶口文化中期（距今约5500—5000年）的重要聚落遗址。遗址中发现了大汶口文化中期城址（城墙、环壕），这是海岱地区目前发现的最早的城址之一，标志着当时社会已进入金字塔状三级聚落结构（中心聚落—次级聚落—普通村落）。墓地中出土了大量玉器（玉钺、玉刀、玉璧）、彩陶（彩陶盆、彩陶壶）及象牙梳（刻有精细花纹），其中玉钺作为礼器，反映了当时的等级制度与军事权力。2017年，焦家遗址被评为“全国十大考古新发现”，为研究大汶口文化中期社会复杂化进程提供了关键线索。
4. 滕州岗上遗址（早期聚落与墓地）
位于枣庄市滕州市东沙河街道岗上村，是大汶口文化早期（距今约6000—5500年）的聚落遗址。遗址中发现了环壕（防御设施）、房址（地面建筑）及墓葬，墓葬中随葬品以陶器（彩陶、红陶）为主，部分墓葬有猪下颌骨随葬，反映了当时的社会分层与私有制萌芽。遗址的发掘，进一步完善了大汶口文化早期的聚落形态研究，为探讨原始社会的组织结构提供了重要资料。
5. 郯城陵阳河遗址（图像文字与礼器）
位于临沂市郯城县陵阳河村，是大汶口文化晚期（距今约4600—4500年）的重要遗址。遗址中出土了图像文字（刻于大口尊上的符号，如“日”“月”“山”等），被认为是早期汉字的雏形，与甲骨文有密切关系。还出土了大量礼器（玉钺、玉琮、陶尊），其中陶尊上的刻符反映了当时的宗教信仰与礼仪制度。陵阳河遗址的发现，为研究大汶口文化晚期的社会意识形态与文字起源提供了重要线索。
6. 永城王庄遗址（豫东地区中心聚落）
位于商丘市永城市苗桥镇王庄村，是大汶口文化中期（距今约5500—5000年）的豫东地区中心聚落。遗址面积约63万平方米，发现了大型环壕（防御体系）、高等级墓葬（随葬玉器、绿松石、石圭）及陶器（背壶、镂空圈足豆、红陶鼎）。其中石圭（成组随葬）是国内目前发现年代最早的新石器时代圭形器，体现了当时的礼制文化；玉器（玉璧、玉瑗）与中原仰韶文化、南方屈家岭文化等有融合迹象，反映了大汶口文化与周边文化的交流互动。2023年，王庄遗址入围“全国十大考古新发现”初评。